Poursuivi dans une affaire de favoritisme, qui concernait le bulletin trimestriel du conseil général du Tarn-et-Garonne, dont il est le président, Jean-Michel Baylet a été relaxé en janvier 2014, le tribunal correctionnel de Bordeaux ayant jugé les faits prescrits. Dénonçant « dysfonctionnements » et « errements » du parquet et du juge d'instruction, l'avocat de M. Baylet, Me Jean-Yves Dupeux, demandait pour son client 20 000 euros de dommages et intérêts, destinés à être reversés aux Restos du cœur. 

Le tribunal de grande instance (TGI) de Paris lui en a accordé 2 500 et 1 200 euros pour les frais de justice, ne retenant qu'un seul des neuf manquements invoqués. La première chambre du TGI a sanctionné un « déni de justice », estimant que le parquet a fait perdre environ un an à la procédure. 

Si Me Dupeux avait plaidé que les dysfonctionnement avaient empêché son client, « ministre potentiel », d'occuper une place au sein de l'exécutif, le tribunal de Paris a répondu que si ce « délai excessif » a pu « le gêner dans sa vie publique, il est néanmoins relevé que M. Baylet a conservé l'intégralité de ses mandats ». Selon Me Dupeux, « il y a d'autres points sur lesquels les juges auraient pu condamner », citant notamment une « erreur grave » du juge d'instruction qui, « en se trompant de qualification » selon lui, a « fait perdre deux ans à la procédure ». 

Jean-Michel Baylet, avait été mis en cause dans deux autres affaires qui se sont soldées par un non-lieu, dont le dernier en novembre. Egalement patron de presse du groupe la Dépêche du Midi, il a perdu son siège de sénateur qu'il occupait depuis vingt ans lors des élections sénatoriales du 28 septembre.